Comme pour les autres espèces animales en sélection, la consanguinité des races ovines augmente régulièrement. « Il est important de suivre le niveau d’accroissement de la consanguinité car des croisements entre animaux avec des généalogies trop proches peut provoquer l’apparition de tares » explique Coralie Danchin-Burge, en charge du suivi de la variabilité génétique au sein de l’Institut de l’élevage.

Pour les espèces ovines, l’Institut de l’élevage a étudié 35 races allaitantes et cinq races laitières. La généalogie des animaux dont les deux parents sont renseignés est plutôt bien connue, avec un nombre d’équivalent génération de 2,60 pour les Boulonnais, à 10,24 pour les Moutons Vendéens. Cela signifie qu’en prenant un Mouton Vendéen au hasard dans la population, on connaît en moyenne ses ascendants sur 10,24 générations.

Globalement, la situation des races ovines allaitantes est correcte, mais révèle quelques cas qui posent question. Si l’on compare les ovins allaitants avec la situation des races bovines en sélection à la même période, on constate que globalement la situation des ovins est largement meilleure que celle des races bovines laitières, y compris pour les races à petits effectifs, mais moins bonne que celle des bovins allaitants. La comparaison ovins allaitants / bovins allaitants est en faveur de ces derniers pour des raisons démographiques : la variabilité des races ovines est à peu près proportionnelle à la taille des populations, qui est plus restreinte que celle des races bovines allaitantes. Il faut noter également qu’en moyenne les généalogies des races ovines allaitantes (hors races à petits effectifs) sont mieux connues que celles des bovins.

Tous paramètres confondus, mais à pondérer en fonction du niveau de la qualité des généalogies, les races dont la variabilité génétique apparaît comme la plus élevée sont : la Mérinos d’Arles, la Noire du Velay, la BMC, la Causse du Lot, l’Ile de France, la Romane (mais à l’inverse les deux races dont elle est issue, à savoir la Romanov et la Berrichon du Cher, affichent une variabilité restreinte) et la Grivette. Toujours dans le tiers supérieur des résultats, mais plus à distance, on peut citer le Texel, la Préalpes, la Rouge de l’Ouest et la Lacaune viande.

Globalement les petits ruminants laitiers se trouvent dans une situation intermédiaire, avec des critères supérieurs à ceux des races bovines laitières et des races ovines à petites effectifs, et inférieurs à ceux des races allaitantes, que ce soit les ovins ou les bovins. Parmi les petits ruminants laitiers, les critères des races ovines sont meilleurs en moyenne que ceux des races caprines, mais cela cache en réalité des disparités : la race ovine Corse, en raison principalement de généalogies mal connues, et la race Lacaune, à la fois grâce à des effectifs importants et une gestion ancienne de la variabilité génétique ont des critères élevés de variabilité génétique, tandis que la Manech Tête Noire et la Basco-Béarnaise ont des critères plus limités, en particulier pour ceux issus de la probabilité d’origine des gènes.

« Il est normal que la consanguinité augmente car plus le temps passe mieux les généalogies sont connues » explique Coralie Danchin-Burge. « En fait, on surveille surtout l’accroissement de cette consanguinité.». Il est important de garder de la variabilité génétique afin de sélectionner les animaux et réaliser le progrès génétique. Pourtant, la large diffusion du progrès génétique induit inévitablement une baisse de la variabilité génétique. Pour sortir de cette impasse, les organismes de sélection cherchent à avoir un taux de consanguinité le plus faible possible des produits issus des accouplements programmés. Et à l’avenir, la sélection génomique pourra, à condition d’être bien gérée, offrir un puissant levier pour concilier variabilité et progrès génétique.